Die Vorstehenden der einzelnen kantonalen Departemente bilden eigene Konferenzen zur Koordination der Tätigkeit in ihren Aufgabenbereichen, aber auch zur Erarbeitung gemeinsamer Stellungnahmen gegenüber dem Bund. Bei vielen Geschäften ist die KdK auf die fachliche Zusammenarbeit mit diesen Direktorenkonferenzen angewiesen.
Bei aussenpolitischen Vorhaben liegt die Federführung in der Regel bei der KdK. Bei innenpolitischen Vorhaben liegt die Verantwortung entsprechend ihrer Zuständigkeit bei den einzelnen Konferenzen. Bei Vorhaben von politisch-strategischer Bedeutung, die im Verhältnis Bund – Kantone auf Regierungsebene angesiedelt sind, liegt die Federführung grundsätzlich bei der KdK.
Die Koordination mit den Direktorenkonferenzen (Rahmenordnung) erfolgt im Rahmen von regelmässigen Sitzungen der Konferenzpräsidien und der Konferenz der Sekretäre der interkantonalen Konferenzen (KoSeKo, Statuten), die auch für die Fachkoordination zuständig ist. Die Sekretariate dieser Gremien werden von der KdK geführt.
Konferenz der Kantonalen Justiz- und Polizeidirektorinnen und -direktoren (KKJPD)
Konferenz der kantonalen Sozialdirektorinnen und Sozialdirektoren (SODK)
Konferenz Kantonaler Volkswirtschaftsdirektoren (VDK)
Konferenz der kantonalen Finanzdirektorinnen und Finanzdirektoren (FDK)
Konferenz für Wald, Wildtiere und Landschaft (KWL)
Konferenz der kantonalen Erziehungsdirektorinnen und -direktoren (EDK)
Konferenz der kantonalen Gesundheitsdirektorinnen und -direktoren (GDK)
Konferenz der kantonalen Direktoren des öffentlichen Verkehrs (KÖV)
Regierungskonferenz Militär, Zivilschutz und Feuerwehr (RK MZF)
Bau-, Planungs- und Umweltdirektorenkonferenz (BPUK)
Konferenz kantonaler Energiedirektoren (EnDK)
Konferenz der kantonalen Landwirtschaftsdirektoren (LDK)