In der kleinräumigen Schweiz werden viele öffentliche Leistungen eines Kantons auch von der Bevölkerung eines anderen Kantons in Anspruch genommen, zum Beispiel im Bereich der Hochschulen und der Institutionen für Menschen mit Behinderung. Die interkantonale Zusammenarbeit mit Lastenausgleich schafft die Möglichkeit, kantonsübergreifende Aufgaben ohne Zentralisierung beim Bund zu erbringen. Sie gewährleistet einen fairen Ausgleich der Lasten zwischen den Kantonen und sichert die Mitsprache der leistungsbeziehenden Kantone. Dadurch kann das Prinzip der fiskalischen Äquivalenz – "wer zahlt, befiehlt" – auch in der kantonsübergreifenden Leistungserbringung eingehalten werden.
Grosse Bedeutung hat die interkantonale Zusammenarbeit mit Lastenausgleich für kleinere Kantone, für die eine eigene Leistungserstellung in vielen Bereichen zu teuer wäre. Grössere Kantone hingegen erreichen die kritische Grösse für ein eigenes Leistungsangebot und übernehmen zusätzlich die Leistungserstellung für benachbarte Kantone. Diese "Arbeitsteilung" zwischen den Kantonen trägt zu einer wirtschaftlichen Erfüllung kantonaler Aufgaben bei. Dadurch wird auch das Prinzip der Subsidiarität gestärkt, was die bundesstaatliche Bedeutung dieses Instruments der NFA unterstreicht.
Die interkantonale Zusammenarbeit mit Lastenausgleich ist ein Schwerpunktthema des Wirksamkeitsberichts des Finanzausgleichs zwischen Bund und Kantonen für die Periode 2020–2025. Im Hinblick darauf wurde je ein externes Gutachten zu den Abgeltungen und zu den Partizipationsrechten in Auftrag gegeben. Nach Auswertung der beiden Berichte wurde ein Leitfaden ausgearbeitet, der zu einer Strukturierung und Versachlichung zukünftiger Verhandlungsprozesse zwischen Kantonen beitragen soll. Zudem wurden der Kommentar zur Rahmenvereinbarung über die interkantonale Zusammenarbeit mit Lastenausgleich aktualisiert. Ein elektronisches Tool zur Ermittlung von Standortvor- und -nachteilen wird aktuell getestet.