Wichtiger Partner der KdK ist der Bundesrat, der jeweils an ihre Plenarversammlungen eingeladen wird. Er kann die KdK zudem um Beratung und Beschlussfassung zu Geschäften bitten, welche die Interessen der Kantone berühren.
Die Bundesverfassung räumt den Kantonen grundsätzlich das Recht ein, an der Willensbildung des Bundes mitzuwirken (Artikel 45 und Art 55 BV). 1978 wurde mit dem «Kontaktgremium Bund – Kantone» erstmals ein regelmässiger Dialog zwischen dem Bundesrat und den Kantonsregierungen institutionalisiert. Nach der Gründung der KdK wurde dieses Kontaktgremium 1997 durch den regelmässig stattfindenden «Föderalistischen Dialog» zwischen den Delegationen des Bundesrates und der KdK ersetzt. Dieser dient dem Informations- und Meinungsaustausch über aktuelle Themen und laufende Geschäfte sowie der politischen Abstimmung zwischen der Bundes- und der Kantonsebene. Ausserdem führen Bund und Kantone seit 2012 einen regelmässigen Dialog zu Europafragen (Europadialog).