Die Zusammenarbeit mit dem Bundesparlament ist für die KdK von grosser Bedeutung. An Anhörungen vor parlamentarischen Kommissionen bringt sie – oft gemeinsam mit den Direktorenkonferenzen – den Standpunkt der Kantone ein.
Seit 1998 treffen sich Delegationen des Büros des Ständerats und des Leitenden Ausschusses der KdK zweimal pro Jahr, um aktuelle politische Themen oder Fragen der Zusammenarbeit zwischen Ständerat und KdK zu diskutieren.
Zudem lädt die KdK seit 2000 während der Session der Eidgenössischen Räte zu einem «Stammtisch der Kantone» ein. Ziel ist, die Beziehungen zu den eidgenössischen Parlamentarierinnen und Parlamentariern zu pflegen und den Meinungsaustausch zu intensivieren. Mitglieder der Kantonsregierungen treffen sich dabei in ungezwungenem Rahmen mit Mitgliedern des Ständerates sowie ehemaligen Mitgliedern einer kantonalen Regierung im Nationalrat. Der Stammtisch ist jeweils einem aktuellen politischen Thema gewidmet.