La CdC accorde une importance toute particulière à sa collaboration avec le Parlement fédéral. Lorsqu’elle est auditionnée par les commissions parlementaires, elle fait valoir, avec les conférences des directeurs, la position des cantons.
Depuis 1998, des délégations du Bureau du Conseil des États et du Bureau de la CdC se rencontrent deux fois par an pour débattre de sujets politiques ou de questions en rapport avec la collaboration entre le Conseil des États et la CdC.
En outre, depuis 2000, la CdC organise un « Stammtisch des cantons » durant la session des Chambres fédérales pour entretenir les relations avec les parlementaires et intensifier les échanges de vues. La rencontre réunit, dans une ambiance décontractée, des membres de gouvernements cantonaux, des membres du Conseil des États et des membres du Conseil national ayant siégé dans un exécutif cantonal. Chacun de ces rendez-vous est consacré à un sujet politique d’actualité.