Certaines questions liées à des dossiers ou à des projets particuliers doivent être approfondies. Dans ce cas, la CdC peut instituer des commissions politiques ou des groupes de travail techniques, qui se chargent des travaux préliminaires et préparent les bases de décision à l’intention des organes de la CdC.
La CdC délègue des représentant·es dans différents organes nationaux et internationaux et dans des groupes de travail. Les cantons peuvent ainsi faire valoir leurs intérêts et leurs besoins aux échelons national et international, en plus de signaler les questions de mise en œuvre des dispositions fédérales.